Z/X: Код воссоединения

После завершения войны между человечеством и зексами — существами из пяти параллельных миров — было установлено временное перемирие. Главная героиня, болезненная девочка по имени Адзуми Кагамихара, становится частью этого перемирия. Её партнёром выступает хладнокровный зекс из Голубого Мира по имени Ригель. Их задача — предотвратить новый конфликт между мирами. Для этого Адзуми поступает в Академию Фудзимисаки, специальное учебное заведение, где готовят пары из людей и зексов к совместной работе.

В академии Адзуми знакомится с другими девочками, которые также были выбраны для партнёрства с зексами. Вместе они начинают проходить интенсивные тренировки, направленные на развитие навыков взаимодействия с существами из других миров. Учебный процесс включает как физические упражнения, так и теоретические занятия по изучению природы зексов. Успех тренировок определяет, смогут ли эти пары поддерживать хрупкое перемирие между человечеством и параллельными мирами.