Индекс волшебства II

Сюжет разворачивается в Академия-Сити, где Индекс, одна из ключевых фигур, продолжает находиться под пристальным вниманием влиятельных магических организаций. В её сознании хранятся 103 тысячи запрещённых Церковью гримуаров, которые различные группы стремятся использовать в своих целях. Эти обстоятельства создают постоянную угрозу для неё и окружающих. Основные события сосредоточены на попытках Индекс защитить себя и сохранить контроль над своей уникальной памятью.

В этой ситуации Индекс полагается на поддержку своего друга Томы Камидзё, который неоднократно помогал ей ранее. К нему присоединяется Микото Мисака и другие знакомые персонажи. Они действуют сообща, чтобы противостоять попыткам магических обществ заполучить гримуары. Взаимодействие между персонажами строится вокруг защиты Индекс и противодействия внешним угрозам, что составляет основу сюжетного развития.