Некий научный Рейлган S

Микото Мисака является одной из сильнейших эсперов пятого уровня в Академия-Сити. В ходе расследования она выясняет, что её ДНК, полученное в детстве, использовалось для создания тысяч клонов. Эти копии были выращены для участия в эксперименте по созданию эспера шестого уровня - сильнейшего в мире. В процессе эксперимента значительное количество клонов, к которым Микото относилась как к сестрам, было уничтожено.

Во втором сезоне аниме «Рейлган» основное внимание уделяется последствиям этого эксперимента для Микото и её подруги Куроко Сираи. Сюжет рассматривает, как персонажи сталкиваются с моральными и практическими последствиями действий научного сообщества. Развитие событий включает попытки Микото остановить продолжающиеся убийства клонов и защитить оставшихся копий от дальнейшего использования.