Магический и человеческий миры долгое время существовали в состоянии мира, будучи разделенными магическими вратами. После кражи могущественных магических сфер и их падения на Землю король магии отправляет троих агентов - бойца по имени Босс, мастера трансформации Лайма и мастера морфинга Пуги - с заданием вернуть сферы. Время на выполнение миссии ограничено. При контакте с человеческим миром сферы впитывают негативные эмоции бытовых предметов, превращая их в BEM - монстров с большими глазами.

В 22 веке человечество подверглось атаке юпитерианских ящеров. Главный герой, Акито, выжил после нападения на земную колонию на Марсе, но не помнит, как оказался на Земле. Он работает поваром и пытается разобраться в произошедшем. Случайная встреча с подругой детства Юрикой меняет его ситуацию. Юрика является капитаном новейшего корабля «Надэсико», построенного частной компанией «Нергал» для разрешения конфликта с пришельцами. Акито следует за ней, надеясь получить ответы на свои вопросы, и