Через тридцать пять лет после завершения войны между людьми и зентради, человечество возобновило освоение космоса. Были построены и отправлены в различные сектора галактики летающие крепости класса «Макросс». Одна из таких крепостей, «Макросс 7», подверглась атаке неизвестных пришельцев. В ходе нападения противник похитил у людей «спиритию» — энергию жизненной силы, лишение которой приводит к ослаблению и коматозному состоянию. Командир крепости, Максимилиан Джениус, организует оборону и

Спустя шесть месяцев после предыдущих событий Раалгонская Империя завершает разработку нового типа вооружения. Тайлор получает задание перехватить образец этого оружия в процессе его транспортировки. Операция сталкивается с рядом непредвиденных осложнений, в результате чего команда крейсера «Соёкадзэ» попадает в плен к противнику. Захваченные члены экипажа находятся в заключении, а время до назначенной казни неуклонно сокращается. В сложившейся ситуации остаётся неясным, является ли провал