Главный герой Сатоши вместе со своими друзьями прибывает в город Ларусс. Там они знакомятся с мальчиком по имени Тоои, который четыре года назад получил психологическую травму и теперь испытывает страх перед покемонами. В это же время покемон Деоксис, полностью восстановившийся после предыдущего боя, начинает атаку на регион Хоэнн. Он устанавливает вокруг города защитный барьер и похищает людей. В ответ на действия Деоксиса из озонового слоя Земли появляется покемон Рейкваза. Его цель -