Сюжет разворачивается на современном корабле военно-морских сил обороны Японии под названием "Эгида". На борту судна обнаруживают тело военнослужащего с отсутствующей левой рукой. Поступает информация о проникновении на корабль опасного шпиона, известного под кодовым обозначением "X". Его действия создают угрозу для национальной безопасности страны. Диверсант не осведомлён о присутствии на корабле детектива Конана Эдогавы. Персонаж берётся за расследование данного дела. Его