Сюжет фильма охватывает два параллельных направления. На Земле Гинтоки и его союзники пытаются освободить город Эдо от контроля Армии освобождения. В космосе Котаро и Тацума совместно с верными союзниками стремятся объединить силы с Шиджаку и Принцем Хатой. В событиях также участвуют другие персонажи, знакомые зрителю по предыдущим частям сериала. Успех обеих операций зависит от способности героев преодолеть возникающие препятствия. Данный фильм является второй частью экранизации сюжетной арки