События разворачиваются спустя три года после окончания первой части сериала. Главный герой Наруто Узумаки возвращается в Деревню Скрытой Листвы после длительного обучения. Его команда претерпевает изменения: Саскэ покинул группу, и вместо него в отряд входит новый персонаж по имени Сай. Команда, состоящая из Наруто, Сая и Сакуры, продолжает действовать под руководством Какаши. Персонажи демонстрируют возросший уровень навыков и изменившееся мировоззрение, что отражается на их взаимодействии и