Сюжет разворачивается через два года после событий Final Fantasy VII. Мир постепенно восстанавливается после разрушительных событий. Появляются новые угрозы — болезнь Геостигма, поражающая людей, и три загадочных личности, которые разыскивают Дженову. Клауд Страйф и его союзники вынуждены снова объединить усилия для противодействия этим угрозам. Персонажи сталкиваются с последствиями предыдущих событий и необходимостью адаптироваться к изменившимся условиям. Болезнь Геостигма создает