Некий научный Рейлган

В вымышленном городе Академия-Сити с населением 2,3 миллиона человек реализуется «Программа по развитию мозга». Восемьдесят процентов учащихся города участвуют в этой программе, в результате чего они становятся эсперами — людьми с различными психическими способностями. Среди всех эсперов только семь человек достигают высшего, пятого уровня развития.

Две ученицы Академии-Сити — Микото Мисака и Куроко Сираи — занимаются поддержанием порядка в городе. Микото Мисака входит в число семи эсперов пятого уровня. Куроко Сираи является членом организации «Правосудие», которая также занимается обеспечением безопасности. Действия персонажей и их взаимодействие с другими жителями города составляют основную линию повествования.