Исчезновение Харухи Судзумии

В середине декабря глава школьного клуба SOS Судзумия Харухи объявляет, что Рождество будет отмечено ужином в комнате клуба. Члены клуба начинают подготовку к мероприятию. Через несколько дней по пути в школу главный герой Кён замечает несоответствия в окружающей реальности. Разговор с одноклассником Танигути не складывается — тот внезапно заболел и не помнит вчерашнего диалога. В классе отсутствует Харухи. На её месте сидит Рёко Асакура, которая ранее была удалена из реальности, и она ведёт себя как ни в чём не бывало. Микуру Асахина не узнаёт Кёна. Нагато, обычно являющаяся инопланетным гуманоидом, предстаёт обычной девушкой и единственным членом литературного клуба.

Выясняется, что ни клуба SOS, ни самой Харухи в этой школе никогда не существовало. Привычная реальность Кёна полностью изменена. Персонажи, которых он знал, либо отсутствуют, либо ведут себя иначе и не помнят прошлых событий. Кён оказывается в мире, где ключевые элементы его повседневности — активная деятельность клуба и личность его основательницы — стёрты. Причина этого изменения и способ восстановления исходного порядка вещей становятся центральной проблемой для протагониста. Ему предстоит разобраться, что произошло с реальностью и как вернуть всё на свои места.