Метод небес: Ещё одно желание

События аниме разворачиваются в городе Кирихара. Главная героиня Нонока Такацуки возвращается в родной город после семи лет отсутствия. Она встречает свою подругу детства Сихо, но их отношения изменились. В городе появляется загадочная девушка по имени Ноэль, которая связана с необъяснимым феноменом - диском, парящим над озером. Ноэль заявляет, что ждала Ноноку, и просит её помощи. Выясняется, что появление Ноэль и диска связано с желанием, загаданным героинями в детстве.

Сериал исследует последствия этого желания и его влияние на жизнь персонажей. Каждая из подруг сталкивается с личными проблемами, вызванными возвращением Ноэль. Сюжет постепенно раскрывает причины исчезновения Ноноки из города и обстоятельства, приведшие к появлению диска. Взаимодействие с Ноэль заставляет героинь пересмотреть свои отношения и принять решение о будущем. Дополнительный эпизод представляет нового персонажа, который влияет на развитие событий в городе.