Прощай, Галактический экспресс 999: Терминал Андромеды

На многих планетах галактики население восстало против Механизированной империи. На Земле война длится несколько лет, и люди терпят поражение. Тэцуро Хосино участвует в боевых действиях. В момент отчаяния он замечает прибытие Галактического экспресса 999. Затем он получает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на поезд. Тэцуро с боем прорывается на станцию и садится на состав.

Поезд отправляется в путешествие, которое содержит множество неизвестных элементов. Дальнейшие события связаны с перемещением между планетами и раскрытием обстоятельств, окружающих Механизированную империю и её противников. Тэцуро предстоит столкнуться с новыми ситуациями и персонажами в ходе своего следования на экспрессе.