Воины-марионетки от Джей до Икс

События разворачиваются через несколько месяцев после завершения OVA-сериала Saber Marionette J. Главный герой Отару и его марионетки — Лайм, Черри и Бладберри — продолжают свою обычную жизнь. В этот период возвращается антагонист Фауст, который вновь начинает эксперименты с технологиями марионеток, ранее считавшимися запретными. Фауст использует Сабер Доллз — группу марионеток, которые испытывают внутренний конфликт: с одной стороны, они испытывают привязанность к Отару, с другой — сохраняют верность своему создателю Фаусту.

Перед Отару и его марионетками стоит задача остановить Фауста и предотвратить последствия его экспериментов. Успех их миссии зависит от способности преодолеть разногласия с Сабер Доллз и нейтрализовать угрозу, исходящую от возрождённого злодея. Исход противостояния определит, смогут ли главные герои сохранить свою целостность и избежать уничтожения.