Детектив Конан: На перекрёстках древней столицы

В Японии происходит серия убийств. Маскированный самурай убивает пятерых мужчин в трёх городах: трёх в Токио, одного в Осаке и одного в Киото. Полиция выясняет, что все жертвы были членами банды Гэндзиботару, специализировавшейся на краже буддийских статуй и артефактов. Члены банды использовали имена слуг Минамото-но Ёсицунэ.

У полиции нет мотива убийств и зацепок для поиска других членов банды. Расследование заходит в тупик, пока храм в Киото не обращается к Когоро Мори. Храм получил анонимное письмо с загадкой и просит помощи в её решении, чтобы вернуть давно утерянную статую. Конан Эдогава и старшеклассник-детектив Хэйдзи Хаттори объединяются, чтобы разгадать шифр и найти убийцу. Хаттори также ищет свою детскую любовь. Используя знание Хаттори Киото, они исследуют город и постепенно раскрывают правду. Убийца совершает новое нападение на члена банды, затем пытается убить Хаттори и похищает его возлюбленную. Только совместная работа Конана и Хаттори может остановить убийцу и спасти девушку.