Кобаяси настолько милые, что аж больно!

Близнецы Мэгуму и Мицуру Кобаяси учатся в разных школах: одна предназначена для девочек, другая — для мальчиков. Со временем им надоедает находиться в окружении сверстников одного пола, и они решают временно поменяться местами. Первое время окружающие не замечают подмены, однако ситуация усложняется, когда в отношениях между персонажами начинают возникать романтические чувства.

Сюжет развивается после того, как Мэгуму, выдавая себя за брата, признаётся в любви старшекласснице Аой Санаде и целует её. Аой, которая изначально испытывала неловкость в общении с девушками, начинает сомневаться в собственной ориентации. Параллельно Мицуру, также находясь в чужом обличье, оказывается рядом с надменной королевой школы Адзусой Токугавой в уязвимый для неё момент, что вызывает у той учащённое сердцебиение. Между персонажами возникают взаимные чувства, однако тайна обмена личностями близнецов остаётся нераскрытой.