Крейсер Надэсико: Принц тьмы

События разворачиваются спустя три года после завершения войны между юпитерианцами и землянами. Акито и Юрика числятся погибшими в результате крушения шаттла, произошедшего годом ранее. Рури Хосино продолжает службу в качестве капитана корабля "Надэсико".

Успешное изучение бозоновых прыжков позволило начать реализацию "Плана Хисаго" - создание сети порталов. Эта сеть оказывается захвачена террористической группировкой "Наследники Марса" под руководством бывшего офицера с Юпитера, представляющего интересы людей, недовольных результатами войны. Для расследования инцидента собирается прежняя команда "Надэсико", которая отправляется в эпицентр событий. В ходе миссии к ним присоединяется неожиданный союзник.