Сержант Кэроро: Кэроро против Тёмного Кэроро — Великая битва за небо!

Отряд Кероро под руководством Фуюки Хинаты исследует заброшенный храм в горном городе Мачу-Пикчу в Перу. Во время осмотра Кероро случайно активирует ловушку, что приводит к обнаружению скрытой комнаты. В центре помещения находится большая синяя кристаллическая структура на подставке с встроенным ключом. Кероро нажимает на ключ, запуская неизвестный механизм, вызывающий вибрации всего храма. Отряд покидает комнату. При эвакуации Кероро теряет свой Керо-шар, а Фуюки замечает светящуюся молодую женщину, но не успевает сообщить об этом, так как вынужден покинуть помещение.

Отряду удаётся выбраться из храма. Женщина, у которой появляются светящиеся крылья, наблюдает за их уходом. Внутри камеры в кристалле начинается процесс роста неизвестной субстанции. Дальнейшие события разворачиваются вокруг последствий активации механизма и связи между отрядом Кероро, кристаллом и загадочной женщиной.