Безграничный Фафнир

В мире появились существа, названные драконами, что привело к значительным изменениям в обществе. Одновременно с этим начали рождаться девушки, обладающие способностью управлять драконами. Эта способность получила название «Д». Для обучения таких девушек была основана академия Мидгар. Главный герой, Ю Мононобэ, является единственным юношей, обладающим «Д». Его существование и способности сохраняются в секрете. Он поступает в академию Мидгар.

В первый день обучения Ю сталкивается с ученицей по имени Ирис в неловкой ситуации. Позднее он узнает, что в академии также учится его младшая сестра Мицуки. Они были разлучены в детстве. Сюжет строится вокруг взаимодействия Ю с другими ученицами и его попыток скрыть свои способности, а также вокруг его воссоединения с сестрой.