Манускрипт ниндзя: Новая глава

События разворачиваются через четырнадцать лет после победы над бессмертным воином Гэммой Химуро и разрушения планов Генерала Тьмы. Главный герой, Дзюбэй Кибагами, продолжает путешествовать по Японии как наёмник. Во время странствий он встречает Сигурэ, жрицу местного храма, которая никогда не покидала пределов своей деревни. Группа демонов уничтожает деревню, убивая всех её жителей. Дзюбэй становится целью демонов из-за Драконьего Жемчуга - загадочного камня неизвестного происхождения.

Сигурэ вместе с монахом Дакуаном и молодым вором Цубутэ отправляется в деревню Ягю. Два демонских клана одновременно охотятся за Сигурэ. Дакуан вынужден снова обратиться за помощью к Дзюбэю, чтобы защитить Жрицу Света. Судьба Сигурэ и её спутников зависит от способности Дзюбэя противостоять демонам и выяснить истинное предназначение Драконьего Жемчуга.