.хак//Корни

Видеоигра "The World", популярная многопользовательская ролевая игра в виртуальной реальности, была прекращена. Вместо неё запущена новая версия под названием The World R:2. В первый день игры в этой версии новичок по имени Хасэо присоединяется к группе других игроков, которые представляются его друзьями. Вскоре после начала совместного прохождения они убивают персонажа Хасэо, по-видимому, ради развлечения. Хасэо спасает загадочный однорукий игрок по имени Ован, который предлагает показать новичку игровой мир.

Вместе с Ованом и его подругой, клириком Шино, Хасэо проводит первый год в игре. Их мирная жизнь прерывается, когда персонаж Шино убивает известный игрок по прозвищу Трай-Эдж. Все жертвы этого игрока впадают в кому в реальном мире. Хасэо в гневе клянётся найти Трай-Эджа и убить его. Действие .hack//Roots разворачивается в течение первого года Хасэо в The World, показывая дружеские отношения, которые он завёл в игре до того, как Трай-Эдж их разрушил.