Грисайя: Призрачный курок

События разворачиваются спустя несколько лет после завершения истории "The Fruit of Grisaia". Территория бывшей академии Михама преобразована в учебное заведение организации SORD (Special Organization for Research & Development), занимающейся подготовкой кадров для национальной обороны. В составе группы шесть девушек с различными специализациями: Рена и Маки владеют огнестрельным оружием, Тока и Гуми являются снайперами, Крис отвечает за взрывчатку и обработку данных, а Мурасаки выполняет функции ниндзя для разведывательных операций.

Команда принимает на себя задания, которые оказываются слишком сложными для полиции или сил самообороны. Девушки регулярно сталкиваются с опасными миссиями, требующими применения боевых навыков и координации действий. Сюжет сосредоточен на их работе и испытаниях, связанных с выполнением операций в условиях повышенного риска.