Доброе утро, Алтея

Сюжет аниме строится вокруг трёх персонажей: Николая, частично киборга; Гэлори, мальчика со смешанным происхождением (человек и представитель расы крестов); и Альтеи, полностью принадлежащей к расе крестов. Конфликт между Землёй и крестами длился 300 лет, и взаимная неприязнь сохраняется.

Корабль, на котором находятся Гэлори, Николай и другие, подвергается внезапной атаке автоматических боевых аппаратов с огромного корабля крестов. Этот корабль захвачен автоматоном. Почти все члены экипажа погибают. Гэлори, Николай и Альтея отправляются на вражеский корабль. Их задача — найти выживших из передовой группы, отправленной с их корабля, и уничтожить автоматон 38-го типа, находящийся в ядре корабля.