Киборг 009 и войны монстров

После побега от организации «Чёрный призрак» киборги, ранее восставшие против неё, расселились по миру и ведут мирную жизнь. Ситуация меняется, когда странное существо, напоминающее динозавра, начинает атаковать города и людей с помощью звуковых волн. Доктор Айзек Гилмор приходит к выводу, что за этими нападениями стоит «Чёрный призрак», и предпринимает меры для повторного сбора киборгов.

Лидером группы становится Джо Симамура, известный как Киборг 009. К сопротивлению присоединяется загадочная Елена, утверждающая, что осталась сиротой в результате атак монстра. Используя подводный летательный аппарат «Дельфин», оснащённый средствами противодействия ультразвуку, киборги отправляются на поиски монстра и нового убежища «Чёрного призрака».